Bunca zaman kendisine tazyik yapılan Bediüzzaman Hazretleri bu tazyikin sebebini, Cumhurbaşkanına yazdığı bir istidasında şöyle beyan eder:
«Reis-i Cumhura gönderilen istidanın zeylidir ki, mecbur oldum yazmağa.
Bana hücum eden garazkârların en esaslı sebebi; Mustafa Kemal’in dostluğu ve tarafgirliği vesilesiyle beni eziyorlar. Ben de o garazkârlara derim ki: Ölmüş gitmiş ve dünyadan ve hükûmetten alâkası kesilmiş bir adam hakkında otuz sene evvel bir Hadîs-i Şerifin ihbarıyla, Kur’ana zararlı öyle bir adam çıkacak dediğimi ve sonra Mustafa Kemal o adam olduğunu zaman gösterdi.
Ben de beşyüz seneden beri kahramanlığıyla ve hakperestliğiyle dünyaya meydan okuyan kahraman bir ordunun şerefini ve zaferini, hilaf-ı hakikat olarak M. Kemal’e vermediğim. Kemal’e vermedi¤im; için, garazkâr dostları beni yirmi senedir bahanelerle tazib ediyorlar.
Evet mahkemede isbat ettiğim gibi; şerefler, müsbet hayırlar, maddi manevi ganimetler orduya cemaata verilir, tevzi edilir; kusurlar, menfi icraatlar başa, reise verilir diye bir kaide-i hakikatla, kahraman ordunun ve bilfiil asker ve asker başında çalışan cesur zabitlerin zaferleri ve şerefleri Mustafa Kemal’e verilmez. Belki kusurlar, hatalar yalnız ona verilir diye beni onu sevmemekle ittiham edenleri, kahraman orduyu sevmemekle ve şereflerini kırmakla ittiham edip onlara hain-i millet nazarıyla bakıyorum.
Bu hakikatı mahkemede isbat ettiğim gibi, onun muannid dostlarına da isbat etmeye hazırım. Ben bu mübarek milletin bahadır ordusunun milyonlar efradı ve zabitlerini severim. Hürmetlerini, haysiyetlerini elimden geldiği kadar muhafaza ediyorum. Benim karşımdaki garazkâr muarızlarım, bir tek adamı sevmek yolunda, milyonlar efrada manen ihanet, belki adavet ediyorlar.
Evet çok emarelerle bildik ki; bana hücum edenleri tahrik eden, Mustafa Kemal’e itirazımdır ve ona dost olmadığımdır. Başka sebebler bahanedir. Bunun için mecbur oldum ki, o muarızlarıma derim: O beni taltif etmek ve bütün vilayat-ı şarkiyeye vaiz-i umumî yapmak için Ankara’ya istedi. Ben oraya gittim. Bu gelen üç madde, beni onun dostluğundan vazgeçirdi. Yirmi sene inzivada azab çektim, dünyalarına karışmadım.
Birinci Madde: Bir hadîs-i şerifin, âhirzamanda an’anat-ı İslâmiyenin zararına çalışacak diye haber verdiği adam, bu olduğunu ef’aliyle göstermesidir. Ben otuzaltı sene evvel o Hadîsi tefsir etmiştim. Aynen bu adama mânası çıkmış. Mahkemedeki müdafaatımın “Üçüncü Esas”ında izahı var.
İkinci Madde: Bir şeyin vücudu ve tamiri ve hayatı, ona ait bütün erkân ve şeraitin vücuduyla olabilmesi; ve o şeyin ademi ve tahribi ve ölmesi, bir tek şartın bozulmasıyla olduğu bir kaide-i hakikattır. Umumun dillerinde “Tahrib, tamirden çok kolaydır” diye darb-ı mesel olmuştur.
Bu kat’i kaideye binaen, meydanda görünen ehemmiyetli kusurlar ve tahribatlar o kumandanın hatasından ve ehemmiyetli şerefler ve zaferler ise ordunun kahramanlığından geldiğinden; o fenalıkları ona, o iyilikleri orduya vermek lâzım gelirken, bütün bütün aksine olarak cemaatın hayrını baştaki bir ferde ve o ferdin şerrini cemaata vermek dehşetli bir haksızlık olmasıdır.
Üçüncü Madde: Cemaatın hayrını ve ordunun zaferini başa vermek ve o başın kusurunu cemaata isnad etmek ise, binler hayırları birtek hayra indirmek ve birtek kusuru binler kusur yapmaktır. Çünki nasıl bir tabur bir dehşetli düşmanı öldürse, herbir neferi bir gazilik rütbesini alır ve yalnız binbaşısına verilse, binden bire iner, bir tek gazi olur. O binbaşının hatasıyla zalimane bir katil yapılsa ve ona verilmeyip tabura verilse, o bir tek katil bin cinayet hükmüne geçerek bin neferi mesul eder ve cezaya çarpar.
Aynen öyle de: Meydandaki görünen ehemmiyetli kusurlar onları işleyen ölmüş adama verilmezse, beşyüz belki bin seneden beri gaziliğini ve hakperestliğini dünyaya gösteren ve ferman-ı şerefini ve Kur’an bayraktarlığını kılınçlarıyla ve kanlarıyla imzalayan bir orduya havalesiyle, o kusurlar binler derece ve erkânları adedince ziyadeleşir, o ordunun pek parlak mazisini dehşetli karartır ve bu asrın ordusunu, geçen asırların aynı orduları önünde mahcub ve mesul eder. Ve mevcud şerefler, zaferler tek adama verilse binler derece küçülür, erkân ve efrad adedince gazilik ve hayırlar bir tek hükmüne geçer söner, daha kusurlara karşı keffaret-üz zünub olmaz.
İşte bu sebebler içindir ki; ben onun dostluğunu bırakıp, onun yerinde, ehemmiyetli bir zamanda içinde bulunduğum ve tesirli hizmet ettiğim o ordunun dostluğunu aldım ve binler derece daha ehemmiyetli şerefini muhafazaya Risale-i Nur ile çalıştım.» (Emirdağ Lâhikası-I sh: 284)
Âhirzamanda çıkan nifak cereyanının mahiyetini, Risale-i Nur’un ikazıyla anlayanların, o cereyandan alâkalarını keseceklerini anlatan Bediüzzaman Hazretleri diyor ki:
«Şimdi ihtiyarımızın haricinde onun mahiyeti ne olduğunu, en başta ve en ziyade alâkadar ve en son ondan vazgeçecek adamların ellerine kat’i hüccetler gösteren ve isbat eden Risale-i Nur geçmesi, kemal-i merak ve dikkatle okunması öyle bir hâdisedir ki; bizler gibi binler adam hapse girse, hattâ idam olsalar, Din-i İslâm cihetiyle yine ucuzdur.» (Şualar sh: 339)
Kur’an (19:82) âyetinde remzî bir mânâ ile; anarşistlerle, onları yetiştirenler arasında zıtlaşma olacağına bir işaret vardır.
Âhirzamanın dehşetli fitnesinden ümmeti ikaz eden rivayetlerin çoğu müteşabih olduğundan, tevil ve tabiriyle izah edilmeleri gerekiyor. Bu hadîslerin, her asrın insanlarına bakan mânâ külliyetleri vardır. Bediüzzaman Hazretleri bu hadîslerden bir kısmını, tâ Osmanlı Devleti zamanında yani 1907 senesinde bazı sualler üzerine ele alarak bazı tevil ve izahlarını yapmıştı. O zaman bu tevillerin mânâsına uygun olacak hiçbir hâdise de yoktu. Aradan hayli seneler geçtikten sonra, Risale-i Nur’daki hassaten Beşinci Şua’daki kıyamet alâmetlerine dair müteşabih hadîslerin tevillerini bazı adliyeciler ele alarak Mustafa Kemal’e ve bir kısım inkılâplarına tatbik ederek suç göstermek istediler.
Halbuki hukuk anlayışında, kanun makabline şamil olmaz. Yani, kanundan önceki zamana tatbik edilmez. Diğer bir ifade ile, kanunsuz suç olmaz. Hem açık olmayan ifadelerden, tahmin yoluyla ceza verilmez. Hem hakaret ve tecavüz olmayarak mücerred fikir ve kanaat beyan etmek, hürriyet rejimlerinde suç sayılamaz. Aksi halde hürriyet rejiminin temel unsurlarından olan din, vicdan ve fikir hürriyetleri ihlal edilmiş olur. İşte bu esaslara aykırı bir suçlamaya cevap verirken, bu hakikatı ve esasları nazara veren Bediüzzaman Hazretleri aynen şöyle diyor:
«Rejimi reddetmek ne vazifemizdir, ne de kuvvetimiz var ve ne de düşünüyoruz ve ne de Risale-i Nur izin veriyor. Fakat biz kabul etmiyoruz, amel etmiyoruz, istemiyoruz. Red başka, kabul etmemek başkadır, amel etmemek daha başkadır. Hazret-i Ömer’in (R.A.) taht-ı hükmünde.A.) taht-› hükmünde;, kanun-u adalet-i şer’iyesini reddetmeyen ve ilişmeyen Yahudilere, Nasara’ya ilişmiyordular. Demek kabul etmemek, tasdik etmemek, idarece bir suç teşkil etmiyor ki; o çeşit muhalifler ve münkirler, en kuvvetli padişahların idaresi ve siyaseti altında bulunmuşlar. İşte bu nokta-i nazardan, Risale-i Nur’un şakirdlerinden en müdhiş bir muhalif ve rejim müessisini tel’in de etse, bilfiil idareye ilişmese, onun mefkûresine kanunen ilişilmez. Hürriyet-i vicdan ve hürriyet-i fikir, onları tebrie eder.» (Kastamonu Lâhikası sh: 265)